ゲノム解析ソフトウェア技術情報サイト

IMCの最新Version 8.114がリリースされました。 

対応OS

• MacOS 10.13~15, 11, 12, 13
• Windows 10 ,11

仕様変更

• Menu 表記の変更
  • 新表記 <- 旧表記
  • GENOME_ANALYSIS <- ANALYSIS
  • GENOME_ANNOTATION <- ANNOTATION
  • GENOME_DESIGN <- DESIGN
  • ARRAY_ANALYSIS <- ARRAY
  • METABOLOME <- METABOLIC STREAM
• Sub Menu の追加
  
  • METABOLOMEに追加
    
    • Save Model (SBML *.xml)　for PE <- IMCPEのみ
    • Save Model (Excel *.xlsx) for PE <- IMCPEのみ
    • Launch Group Editor IMCGE, IMCPE
• METABOLOME機能の新規追加および修正
  
  • LMS: Local Pathway Builder の変更
    
    • Clear Canvas ボタンの新規追加：　Canvas上の代謝パスウェイをクリアします。
    • Mode 選択（切替）ボタンの新規追加：　Remove Mode と　Normal Mode の切替
    • Removeボタンがオンになっている状態で、描画されている代謝マップの任意のReactionノードをクリックするとそのReactionおよび直接反応に含まれるMetaboliteがRemoveされます。ただし、描画されている他のReactionに直接含まれるMetaboliteはRemoveされません。
  • Excel（*.xlsx)で書かれたゲノムスケールモデルをロードできるようになりました。（従来は*.xlsのみ）
  • ゲノムスケールモデルをファイルをして保存する機能として以下の2つの出力機能が新規追加されました。
    • SBMLフォーマットでのゲノムスケールモデルのファイル保存機能。（IMCPEのみ）
    • Excelフォーマットでもゲノムスケールモデルのファイル保存機能。（IMCPEのみ）
      • これにより、SBMLフォーマットを使用しないでもゲノムスケールモデルの描画ができるようになりました。
  • Group List Panelの新規追加
    • ロードしたゲノムスケールモデルにGroup（サブパスウェイ）が指定されている場合は、自動的にGroupをリストとして表示することができるようになりました。１つのGroupをクリックすると、Reaction List Panelに表示されているReaction がそのGroupに属するReactionのみリストされます。
    • このとき、Reaction List　Panel上部にあるDraw Pathwayボタンをクリックすると、Groupに属するReaction のみのパスウェイを描画します。
  • Group Editor　新機能
    • Group Editorは、ロードしたゲノムスケールモデルにGroup（Sub Pathway)が指定されていない場合に各Reactionを指定したGroup に登録する機能です。
    • 現在IMCでは、ゲノムスケールモデル全体のパスウェイを描画することができますが、結果として描画される全体パスウェイが複雑となり、その可視性はほとんどありません。
    • ゲノムスケールモデルに登録されたReactionを関連するGroupに割り当てることにより、簡単にサブパスウェイの作成ができます。Group(サブパスウェイ）を指定して、Local Pathway Builder上にパスウェイをマップを描画することにより可視性の高いマップが得られます。
    • Group 登録手順（あらすじ）
      • 最初にいくつかのGroupを登録します。例: TCA Cycle, Pentose Phosphate Pathway など。
      • １つのGroupを選択して、それに属するReactionを登録します。
      • Groupを切り替えて、他のReactionを登録します。
      • ひとつのMetaboliteを指定し、それに関与するReactionをリストアップし、そのリストからReactionを選択登録することも可能です。