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IMC 014 遺伝子の相同性を見る

作成日:2018年08月07日 | 最終更新日:2018年11月12日 | 公開日:2018年08月07日 | 印刷 | 参照数: 2783

あるゲノムのメインフィーチャーマップと近縁種ゲノムの参照フィーチャーマップが表示されている状態では、多くの場合簡単に相同性解析を実行できます。サンプルデータがロードされている場合は、それを例にして相同性解析を実行してみることができます。

メインディレクトリツリーのBacillus subtilisディレクトリのNC_000964.gbkをクリックします。
- その配列ノードの背景が赤となり、メインフィーチャーマップにそのゲノムのマップが表示されます。
Reference ディレクトリツリーのBacillus subtilisディレクトリをマウス右クリックして、カレントディレクトリにします。
- ディレクトリアイコンが緑色のCマークになっていれば、カレントディレクトリになっています。
- Reference フィーチャーマップには近縁種ゲノムのマップが表示されています。
メインフィーチャーマップ上の一つのCDSフィーチャーの上でマウス右クリックします。CDSフィーチャーはデフォルトでは、横にした家形のアイコンで表示されています。
- メニューが表示されます。
メニューの中から、Show Homology --> Show Homology A.A.を選択します。
- 実行確認メッセージが表示されます。
「はい（Y)」をクリックします。
- 実行中は進捗メッセージが表示されます。
- 実行が完了すると、Homology Search 結果ダイアログが表示されます。
一つの行をクリックします。
- メインフィーチャーマップの検索元CDSと参照フィーチャーマップの相同CDSが並びます。
マルチプルアラインメントを見る場合には、Select Allをクリックし、Multiple Alignmentをクリックします。
- 実行確認メッセージが表示されます。
- マルチプルアラインメントが表示されます。