in silico Assemblerはde novo Assemblerです。
50bp以上のDNA Fragmentをアセンブリできます。
NGSからのReadもアセンブリ可能です（100万Read程度まで。
それ以上のサイズはVelvetなどをお使いください）。
前処理で処理件数限定、最低QVの指定、最大N塩基数の限定が可能です。
操作
- メニューからTools --> in silico Assemblerを選択します。
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- 最初に使用する場合は、サンプルデータがインストールされていません。サンプルデータをインストールするかどうかを聞かれます。
- in silico Assembler ボタンツールが表示されます。
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- Assembleをクリックします。
- Assembly 実行ダイアログが表示されます。
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- 結果の保存領域を指定します。
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- アセンブリするDNAフラグメントファイルを指定します。
- インプットするフラグメントファイルは2つの方法のどちらか一つで指定します。
- アセンブリ実行中は、プログレスメッセージが表示されており、アセンブリの進捗状況を把握することができます。
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- 終了すると完了メッセージが表示されます。
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- OKをクリックします。
- 完了メッセージが閉じます。
留意事項
アセンブリ結果は、実行前に指定した結果保存領域に格納されています。
アセンブリ結果として生成される多数のコンティグ配列を、ロードする前に1本の配列に機械的に結合しておく方法があります。
アセンブリ結果は通常複数のコンティグファイルとして保存されているため、そのままロードすると多数のフラグメントファイルに分かれてロードされます。
フラグメントが多数の場合は、これを全部指定して直接ロードしないで、それらを機械的に結合したマルチプルGenBank形式ファイルを生成して、ロードする方法があります。
アセンブリ結果をメインフィーチャーマップにロードするには、IMCの通常の配列ロード方法を使用します。