ゲノム解析ソフトウェア技術情報サイト

実装製品・エディション

機能説明

• DDBJへ大量塩基配列データを登録する際に要求されるファイルを生成します。

保存方法

• DDBJ登録用ファイルを生成したい注釈付き塩基配列をメインディレクトリー上で選択します（複数指定可能）。

• ツールボックスの「Export in DDBJ SubmissionFormat File」ボタンあるいはメニューからFile -> Export -> Export Feature & Sequence (DDBJ) をクリックします。
• 登録するFeatureを選択するダイアログが表示されます。

• このダイアログには4つのタブがあります。最初に表示された時点ではBasisタブの内容が表示されています。

WGS登録

• Basisタブの項目指定方法
  • Output DirectoryにはDDBJ登録用ファイルの保存先を指定します。
  • N Countに正数値を入力すると、指定された数以上のNがある領域でファイルは分割されます（省略可）。
  • source フィーチャーにはmol_typeが必須のため、未定義の場合はここで指定します（省略可）。
• Headerタブをクリックして、Header項目を入力します。

• • Headerタブの全項目の4桁目にすべて入力します。
  • keywordをクリックすると、キーワードの説明が表示されます。そこから１つのキーワードを選択し、入力します。
  • projectをクリックすると、DDBJのページにジャンプします。そこで、BioProjectの登録情報を入手します。

• • biosampleをクリックすると、同様にDDBJのページにジャンプします。そこで、BioSampleの登録情報を入手します。
• Featureタブをクリックすると、登録するFeature Keyのリストが表示されます。登録するFeature Keyすべてにチェックを入れます。

• • source Feature Keyは必須であるため、必ずチェックします。
• Runをクリックすると、DDBJ登録用ファイルが生成されます。
  • 指定された場所に、DDBJ大量データ登録用のファイルが生成されます。
    • アノテーション用ファイル名: xxxx.annt
    • 塩基配列用ファイル名：xxxx.fasta
• 注意：この機能はFeatureのみを選択対象とします。特定のQualifierを取り除きたい場合は、この処理以前に、オプションのScreening設定にて、取り除くQualifierを指定し、別名で保存しておく必要があります。
• まずはOutput directory にあるall.fasta とall.annt をDDBJ に送って各contig のaccession 番号をもらいます。
  • ※この段階はWGS 登録です。

CON登録

• accession 番号が届いたらcontig との対応ファイルを作ります。
  • contig1[タブ区切り]accession 番号1
  • contig2[タブ区切り]accession 番号2
  • contig3[タブ区切り]accession 番号3
• Convertタブをクリックして、Agpファイル変換を行います。

• 
  
  • agp fileには、出力されたall.agpを指定します。
  • contig-accesssion fileには、contif-accession対応ファイルを指定します。
• Runをクリックすると、Output directory にall.agp.new ファイルが生成されます。
  • ※この処理が終わってもウィンドウは自動的に閉じないのでClose ボタンで閉じます。
• Output directory にあるall.fasta、all.con.annt、all.agp ファイルをDDBJ に送って登録完了です。
  • ※この段階はCON 登録です。
  • ※all.agp.new をall.apg に名前を変えて送ります。