ゲノム解析ソフトウェア技術情報サイト

• Auto Annotation by Reference Dataの結果操作用のダイアログです。
• 参照ゲノム を Blast検索用データベース として、メインカレントゲノム配列 に半自動的に注釈を追加します。
• この アノテーション 機能 では、一度に複数の ゲノム配列 に対して アノテーション を実行できるため、Name欄 には アノテーション された メインカレントゲノム配列 のリストが表示されます。
• そのうち1つの配列をクリックすると、その配列に属する結果が表示されます。

Screening欄 は、検索結果を絞りこむためにあります。絞り込みのキーは以下の3種類です。

• Identity : クエリー配列とヒット配列のアラインメント領域における一致度（パーセント値）
• E-Value : 同じ組成のランダムな配列と比較した場合にこの 検索空間 で偶然一致する配列が存在する確率
• Bit Score :検索使用する マトリックス に指定された クエリー配列 とヒット配列の一致・不一致スコアの総和
• Screen :それぞれの値の範囲を入力し、このボタンをクリックすると絞り込みが実行されます。

ヒットリスト：クエリー配列 とした レファレンスゲノム の フィーチャー 別に ヒットサブジェクト がリストアップされます。

カラム別説明

• チェックボックス：チェックすると選択状態となる Feature Key : 参照ゲノム 上の クエリーフィーチャー の フィーチャーキー
• Query Length :参照ゲノム上のクエリーとなるフィーチャーの塩基長
• Subject Length :参照ゲノム配列の塩基長
• Identity :クエリー配列とヒット配列のアラインメント領域 における 一致度（パーセント値）
• Alignment Length：アラインメント領域 の塩基長
• Mismatches :アラインメント領域 におけるクエリー配列とヒットサブジェクト配列の不一致塩基数
• Gap Openings :アラインメント領域における生成されたギャップの塩基長
• Query Start :クエリーフィーチャー配列 の相対開始塩基位置
• Query End : クエリーフィーチャー配列 の相対終了塩基位置
• Subject Start : 参照ゲノム配列 の絶対開始塩基位置
• Subject End : 参照ゲノム配列 の絶対終了塩基位置
• E-Value :同じ組成のランダムな配列と比較した場合にこの検索空間で偶然一致する配列が存在する確率
• Bit Score :検索使用する マトリックス に指定されたクエリー配列とヒット配列の一致・不一致スコアの総和
• Sequence :ヒットサブジェクト の アラインメント領域 の配列
• Alignment (Figure) :クエリー配列 と ヒットサブジェクト のそれぞれ全長と アラインメント領域 を図示したもの
• Alignment (Button) :クリックすると、クエリー配列 と ヒットサブジェクト配列 の ペアワイズアラインメント ダイアログ が表示される。
• Gpff (Button) :クリックすると、ヒットサブジェクト の GPFF の Feature Key、 Qualifier、Valueリストが表示され、選択したエントリーを Qualifier として、コピーできる。