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複数の核酸あるいはアミノ酸配列間のアラインメントを作成します。
メインカレントディレクトリにロードされている配列から複数選択可能です。
ホモロジー検索結果画面からもこの機能を起動できます。
結果画面からは、系統樹描画機能、シンプルエディター機能、クリップボードへのコピー、印刷が可能です。
1行に表示する文字数を変更できます。
ベン図(Venn Diagram)は集合論で使用される図で、3個の集合(4集合以上の場合も描画可能ですが、IMCでは3集合以下のみ描画します)間の要素の数の分布を示したものです。
それぞれの集合に属する要素を円内に示し、それらが重なり会う部分を共通要素として示します。
生物学への応用として近縁種ゲノム間の相同遺伝子の数を図示することに使用されます。
この機能は以下のソフトウェア・エディションに搭載されています
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グローバルゲノム再配置マップの描画ウィンドウです。上部と下部にそれぞれ互いに近縁なゲノム配列が直線で表現されています。上下の線分を結ぶ多数のカラーの線分は上下のゲノムで互いに相同性の高いものを結んでいます。上下を結ぶ線分のカラーは、相同性の強さの違いを示しています。中央で1点に集まる線分はこの流域が互いのゲノムで逆位になっていることを示します。中央にある小さなウィンドウはナビゲーションウィンドウで全体をズームインした場合にどの部分が表示されているかを示します。上下にあるボタンツールで画面表示や出力を設定できます。
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局所ゲノム再配置マップ(Local Genome Rearrangement Map)は、近縁種を比較する機能の1つです。2つゲノムの間の最大相同性パスに沿った相同性領域の比較を塩基配列やアミノ酸配列レベルでかつそれらゲノム上にある注釈を表示します。
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基準となるゲノム上に、異なる近縁種ゲノムとの相同領域を検出し、塩基配列およびそれぞれのゲノムのフィーチャーをアラインメントした局所的ゲノム再配置マップを描画します。この機能を、ローカルゲノムリアレンジメントマップと名付けています。
2種の近縁種間の全体にわたり、かつ局所的なゲノムリアレンジメントマップを作成・描画します。
基準ゲノムに対して、比較対象としての近縁種のゲノム全域を写像します。
2種のゲノム間のゲノム全域にわたり、塩基配列レベルでの相同領域を表示します。
コーディング領域においては、対応するアミノ酸残基をアラインメント表示します。
アミノ酸残基の不一致個所をリスト表示し、そのリストの各不一致個所をクリックすることにより、対応する位置にマップを移動できます。
一致部位と残基のリストをCSVファイル出力可能です。
リストは再ロード時に、再現表示されます。相同領域においては双方のゲノムのフィーチャーとその位置をアラインメント表示します。
基準ゲノムとの相同性がない領域については、比較対象ゲノムのフィーチャーは表示されません。
これは、LGRMが基準ゲノムに対して比較対象ゲノムを写像するという原理から、写像されない領域すなわち、比較対象ゲノムから欠失した領域として判断されます。
解析結果は基準ゲノムのGenBank形式ファイルとして保存および再参照可能です。
LGRM表示設定をレイアウトスタイル(LGRMレーン)として登録可能です。
LGR Mapレーンはメインフィーチャーマップの任意に位置に配置設定できます。塩基配列とアミノ酸配列の比較表示をカスタマイズできますLGRMでは通常の配列レーンをLGRM用に読み替えて使用されます。
複数の注釈つきゲノム塩基配列ファイルから、それぞれのゲノムに存在するCDSに注釈つけられたEC番号の対照リストを表示します。
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遺伝子クラスターアラインメントは、複数の近縁種ゲノムの1つの遺伝子に着目し、その近傍(上流にN個の遺伝子範囲、下流にN個の遺伝子範囲)を含めて、近縁種ゲノムとの間の相同性の有無を調べ、BBHがある場合には相同遺伝子同士を帯で結合表示するものです。
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パンゲノムからコアゲノムを抽出します。
集団が大きい場合は計算時間がかかります。その場合は、コア数の多い計算機で実行することを推奨します。
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変異点解析は近縁種ゲノム(パンゲノム)間の変異点を塩基単位で検出します。
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実装エディション:IMCGE,AE,DS
マルチプルアラインメント結果から、選択されたフィーチャ―の分子系統樹を描画します。
水平表示、垂直表示、無根系統樹の指定ができます。また進化距離の表示・非表示が可能です。
ノードの形状をBox, Circle, Noneから選択できます。
系統樹図は、PDF形式でファイル出力できます。外部で作成された系統樹ファイル(dnd形式)を読み込み、表示可能です。