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概要

• Homology Pane においては、CDS Feature を クエリー として 相動性検索が実行されている場合は、その CDS フィーチャー 上でマウス右クリックによる Annotation Window 起動を行うことにより、相同性検索結果 を閲覧・転記することができます。

注意

• メインメニュー あるいは フィーチャーマップ 上の選択領域上でのマウス右クリックによる Annotation Window の起動の場合は、Homology Pane は表示されません。

Pane上の表示項目説明

• 絞り込み（Screen）操作領域：相同性検索結果 を絞り込むための機能領域です。
  • 相同性検索結果リストタブパネル：相同性検索結果 の ヒットサブジェクト を表示済ます。1行に1個のヒットが表示されます。
  • Qualifierリストパネル：ヒットサブジェクト に記述されている Qualifie rの値をリスト表示します。ここで選択（チェック）した Qualifier は Query Feature に転記されます。
  • ツールボックス：操作ボタンツール が配置されています。

相同性検索結果の絞り込み機能

• 相同性検索結果リスト を以下の4つの項目で絞りこむことができます。
  • 検索データベース名（Homology Site) Identity 範囲：
  • Identity の範囲を２つの 入力フィールド に指定します。片側だけの指定も可能です。
  • E-value 範囲：E-value の範囲を２つの 入力フィールド に指定します。片側だけの指定も可能です。
  • Bit Score 範囲: Bit Score の範囲を２つの 入力フィールド に指定します。片側だけの指定も可能です。

相同性検索結果リストタブパネルの操作

• Homology Search ボタン をクリックすると、Blast検索 利用可能な データベース のうち、まだ 相同性解析 が実行されていない データベース に対して、追加で 相同性解析 を実行できます。
• 実行結果はこのパネルのリストに追加されます。
• Subject の1行をクリックすると、それが Reference Map 上にある場合は、対応する ゲノムマップ が サブジェクト をマップの中央とするように移動し、かつその Feature が 反転表示 されます。
• チェックした行を CSV や FastA 形式のファイルとして出力できます。
  • CSV… ボタン をクリックすると、現在チェックされている サブジェクト が CSV形式 でファイル保存されます。
  • FastA… ボタン をクリックすると、現在チェックされているサブジェクトが FastA 形式 でファイル保存されます。
  • Select All ボタン をクリックすると、全 サブジェクト にチェックされます。
  • Reverse Selected ボタン をクリックすると、現在のチェック状態と反対の状態となります。すなわち、チェックされていた サブジェクト がチェックを外され、チェックされていなかった サブジェクト がチェックされます。

Qualifier of Subjectタブパネルの操作

• ここで表示される Qualifier は、クエリーフィーチャー と相同性 があった領域にそれらの 塩基範囲 が オーバーラップ する Qualifier です。
• メインフィーチャーマップ 上の現在編集中の クエリーフィーチャー にチェックした Qualifier を転記します。
• Qualifierへのチェックは手動で行います。
• 転記 が必要な Qualifier すべてにチェックした後、Copy Qualifier ボタン をクリックすると転記が実行されます。