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例として、以下の認識配列と切断箇所をもつ制限酵素（BspQI）を登録します。

5’-GCTCTTCn^nnn-3’

3’-CGAGAAGnnnn^-5’

切断箇所を「^」で示しています。

操作

1. メニューから、「Cloning -> Restriction Enzyme -> RE Registration & Editing」を選択します。
2. 
3. Enzyme Selection ダイアログが表示されます。
4. 
5. 下段にある「Add…」をクリックします。
6. 「Enzyme Registration」ダイアログが表示されます。
7. 
8. Name テキストフィールドに、制限酵素名称「BspQI」を入力します。
9. 
10. Recognition Site 5’ テキストフィールドに、「GCTCTTCn^nnn」を入力します。
11. 切断箇所には、「^」を入力します。
12. 3’ テキストフィールドに「CGAGAAGnnnn^」を入力します。
13. 
14. 「Save」をクリックします。
15. Enzyme Registration ダイアログが閉じます。
16. 制限酵素「BspQI」がEnzyme Listに表示されています。
17. 
18. 以降、この制限酵素を制限酵素処理に使用できます。
19. 間違えて登録した場合などには、編集あるいは削除可能です。