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Settingダイアログ、Sequence Laneタブペインでは、メインフィーチャーマップのフィーチャーレーンの塩基やアミノ酸文字のカラーやサイズなどの設定を変更します。

配列（シーケンス）レーンは、以下に示すようにゲノムの塩基配列（順鎖、逆鎖）を一行ずつ、およびコーディング領域においては、アミノ酸配列を順鎖、逆配列それぞれ3フレームずつの6行からなっています。

Feature setting タブペイン

Map Scale Parameters

Base Shift Left:プルダウンメニューから、左スクロールボタンのワンクリックあたりのスクロール塩基数あるいは画面幅を１としたスクロール幅を指定します。

Base Shift Right：プルダウンメニューから、右スクロールボタンのワンクリックあたりのスクロール塩基数あるいは画面幅を１としたスクロール幅を指定します。

Interval of Scale：スケールレーンの目盛り間隔を指定します。AutoとCustomから選択でき、Customを選択すると、目盛り間隔を塩基単位で指定できます。

Show Grid Lineチェックボックス:チェックすると、配列レーン上の目盛り位置に縦のグリッド線を表示します。
Font

Font Size：配列文字のフォントサイズをプルダウンメニューから選択できます。

Draw Position of One Character Amino Acid Code

Forward Strand:順鎖のアミノ酸表示領域上で、プルダウンメニューからアミノ酸1文字コードを表示するコドン内位置を指定します。

Reverse Strand:逆鎖のアミノ酸表示領域上で、プルダウンメニューからアミノ酸1文字コードを表示するコドン内位置を指定します。

Codon Setting

Show Start Codonチェックボックス: チェックするとアミノ酸表示領域にスタートコドン候補の位置を矩形で表示します。スタートコドンは、適用されているGenetic　Tableから参照されます。カラーボックスをクリックすると、表示カラーを変更できます。なお、カラーは、カラーボックスで指定したカラーと透明度が異なります。

Show Stop Codonチェックボックス：　チェックするとアミノ酸表示領域にストップコドン候補の位置を矩形で表示します。ストップコドンは、適用されているGenetic　Tableから参照されます。カラーボックスをクリックすると、表示カラーを変更できます。なお、カラーは、カラーボックスで指定したカラーと透明度が異なります。

Show Area that Stop Codon is not Found within Specified Basesチェックボックス:入力フィールドに指定した塩基数以上ある領域でストップコドンが存在しない場合に、カラーボックスで指定したカラーでその領域を塗りつぶします。

Show Amino Acidチェックボックス：チェックすると、この領域を翻訳した場合のアミノ酸配列が表示されます。

Nucleotide Sequence Color　カラーボックス：ヌクレオチドコード毎にシーケンスレーンの塩基文字カラーを指定します。

Amino Acid Color カラーボックス：アミノ酸コード毎にシーケンスレーンのアミノ酸表示領域に表示するアミノ酸文字カラーを指定します。

Show Complementary Color　チェックボックス：チェックするアミノ酸コードの背景を指定したカラーで表示し、文字自体はその補色で表示します。