in silico Assemblerはde novo Assemblerです。
50bp以上のDNA Fragmentをアセンブリできます。
主として、キャピラリーシーケンサーからのRead のアセンブリに使用されます。
NGSからのReadもアセンブリ可能です(100万Read程度まで。それ以上のサイズはVelvetなどをお使いください)
前処理で処理件数限定、最低QVの指定、最大N塩基数の限定が可能です。
iSpiderは、外部の塩基配列やアミノ酸配列データベースサーバから必要な配列データファイルをダウンロードするツールです。
予め、外部サーバとそこから取得する配列データの情報を登録しておくことにより、簡単に最新の配列データをダウンロードし、所定のディレクトリーに保存することができます。
手動ですぐにダウンロードを実行することが可能ですが、実行する日時を指定してその時刻に自動的にダウンロードすることも可能です。
正規表現で、複数のファイルを指定することが可能であるため、場合によってはかなり多数のファイルをダウンロードすることになります。
外部サーバの規約に従って、サーバにあまり負荷をかけないよう設定を行ってください。
TaxiSpiderは、iSpiderの姉妹ツールです。
塩基配列ファイルやアミノ酸配列ファイルへの全索引を指定したサイトからダウンロードするツールですが、それらの配列索引を1つの大きなTaxonomy Tree状のデータベースに格納していくことに特徴があります。
ダウンロードされた配列データはそのTaxonomy情報に従って、Taxonomy Treeの該当する枝上に格納されます。
ただし、ローカルに非常に大きなディスクスペースを必要とします。
2018年12月現在、47GBのディスクスペースが必要です。
ARMは、代謝パスウェイのエディター・ビューアです。
アトムトレース機能があり、炭素、酸素、硫黄原子を追跡することができます。
ソース化合物からターゲット化合物までのすべてのシングルパスウェイを探索することができます。
ただし、化合物や反応のデータが古いため、最近のパスウェイは含まれていませんが、化合物や反応を追加登録することが可能です。
探索されたパスウェイをカンバス上で、自動的に結合し、合成パスウェイを描画することができます。
オリジナルな機能に、以下の新しい機能も追加されています。
メタボローム解析などから得られる化合物別の量的データをインポートし、各化合物の上に系列表示(棒グラフ)できます。
また、トランスクリプトーム解析から得られる酵素遺伝子の発現量データをそれぞれの反応上に系列表示(棒グラフ)できます。
ARMは、東京大学(現国立遺伝学研究所)の有田さんが開発したソフトウェアです。
対話型のARMインターフェイスです。
ARMのシングルパスウェイ探索機能を対話形式で実行できます。
ARMは、東京大学(現国立遺伝学研究所)の有田さんが開発したソフトウェアです。
NGSのペアドエンドReadをフラグメントに変換します。
GenBank GBFF Expanderは、多数のゲノム配列を含むNCBIのGBFF形式のファイルを個々のゲノム配列に展開し、そのTaxomyに従って、ツリー上のディレクトリーに配置するツールです。
TaxiSpiderのプロトタイプとなった機能です。
IMCで使用するゲノム塩基配列ファイルの主たるフォーマットであるGenBank EMBL形式ファイルが正しいか検査し、誤りがあればそれを自動的に修正します。
1つのディレクトリー以下に複数のGenBank EMBLファイルを保存しておくと、そこにある全部のファイルをチェックします。
また、検査結果ファイルは別のディレクトリーに保存できます。