ゲノム解析ソフトウェア技術情報サイト

表示範囲の表示

上部にある表示フィールドの内容です。この表示はスクロール操作により1行分ずつ変化します。

• Length：現在 ペイン に表示されている塩基長（単位 bp）
• From:現在 ペイン に表示されている塩基配列のゲノム上の絶対開始位置
• To:現在 ペイン に表示されている塩基配列のゲノム上の絶対終了位置

表示範囲のスクロール

1. 上部左右にある赤い矢印をクリックします。
2. クリックすると1行分ずつ左右にシフトします。
3. 1行分ずつ上下にスクロールすることになります。

1行の表示塩基数の変更

• Annotation Window の幅をリサイズすることで変更できます。

ペインに表示する行数の変更

• Annotation Window の高さをリサイズすることで変更できます。

最小限の表示

• 順鎖の塩基配列だけを表示します。左側にある ボタンツール の操作で様々なオプション表示が可能です。

相補鎖塩基配列の表示

• 左側 ツールボックスの -Seqボタン をオンにします。

アミノ酸配列の表示

• ツールボックスの +A.A.ボタン あるいは -A.Aボタン をオンにします。２つを同時にオンすることも可能です。

フィーチャーの表示

• ツールボックスの FKボタン をオンにすることにより、選択されている フィーチャーキー を配列の上にグラフィカル表示できます。

表示フィーチャーの選択方法

1. FKボタン の上で マウス右クリック します。
2. ポップアップメニュー が表示され、すべての フィーチャーキー が示されます。
3. 
4. 赤いフォントで表示されている フィーチャーキー が表示対象です。
5. 黒のフォントで表示されている フィーチャー の上でマウス右クリックするとその フィーチャーキー を表示対象に変更できます。
6. 
7. 変更されるとその フィーチャーキー は赤のフォントで表示されます。
8. 

表示フィーチャーの選択状況切替

• Select All：全 フィーチャーキー を選択します。
• 
• Reverse Selected：現在選択中の フィーチャーキー を非選択に、非選択中の フィーチャーキー を選択に一括して切り替えます。
• 

Description Windowの起動

• フィーチャー上でのマウス右クリックにより、そのフィーチャーの Description Window を起動できます。
• Annotation Window の Description ペイン を別ウィンドウで開くことになります。
• 

塩基位置目盛の表示

• ツールボックスの Upボタン をオンにすると、塩基配列の位置目盛が配列の上部に表示されます。
• 
• ツールボックスの Sideボタン をオンにすると、塩基配列の位置目盛が配列の各行左側面に表示されます。
• 

塩基配列目盛の絶対・相対表示切替

• ツールボックス の Absボタン をオンにすると、塩基位置目盛はロードされている カレントゲノム配列 の絶対塩基位置で表示されます。
• ツールボックス の Relボタン をオンにすると、塩基配列目盛は現在表示されている範囲の先頭塩基を１として表示されます。

スタートコドン・ストップコドン候補の表示

• ツールボックス の Startボタン をオンにすると、塩基配列および アミノ酸表示フレーム 上に スタートコドン 候補位置が表示されます。
• 
• ツールボックスの Stopボタン をオンにすると、塩基配列および アミノ酸表示フレーム 上に ストップコドン 候補位置が表示されます。
• 

フィーチャーに対応する領域を強調表示

フィーチャーに対応する塩基配列領域を矩形で囲む

• ツールボックスの Rectボタン をオンにすると、フィーチャー に対応する塩基配列領域を矩形で囲みます。
• このとき、塩基配列上の変更可能な スタートコドン は矩形表示ではなく、ハイライト 表示に変わります。

フィーチャーに対応する領域全体を網掛け表示

• ツールボックスの All ボタンをオンにすると、フィーチャー に対応する領域に網掛けされます。
• 網掛けの色は フィーチャーキー に割り当てられた色を透明にしたものになります。
• このとき、塩基配列上の変更可能な スタートコドン は矩形で囲まれます。
• 

フィーチャー表示カラーを変更

• ツールボックスのFKカラーボタンをオンにすると、そのフィーチャーキーに割り当てられたカラーで描画されます。
  • FKカラーの設定方法はこちら。
• ツールボックスのCTカラーボタンをオンにすると、そのフィーチャーに登録されたカテゴリーカラーで表示されます。
• カテゴリーカラーはアノテーション進捗段階別に設定されています。
  • カテゴリーカラーの設定方法はこちら。

塩基配列10bpごとに空白文字を挿入

• ツールボックスの 10Base ボタンをオンにすると、塩基配列表示が10塩基事に空白が挿入されます。
• これは表示のみで、実際の塩基配列データには空白は挿入されません。

塩基配列上で実行可能な操作

・CDSフィーチャーのスタートコドン位置を変更

1. 表示されている CDS フィーチャーのスタートコドン位置を別のコドンに変更する場合は、以下の操作を行います。
2. 
3. 塩基配列上の変更先スタートコドン位置でマウス右クリックします。
4. ポップアップメニューが表示されるので、Set Start Codon を選択します。
5. 
6. 確認メッセージが表示されます。
7. 
8. 「はい（Y）」と答えると、その CDS フィーチャーのスタートコドン位置が変更されます。
9. 

・新規フィーチャーの登録

1. 塩基配列上でマウスドラッグし、新規フィーチャーとして登録したい領域を選択します。
2. 選択された領域上でマウス右クリックします。 ポップアップメニューが表示されます。
3. Save as (New) Feature をクリックします。
4. Feature Registration Dialog が表示されます。
5. Feature Registration Dialog は Description Window と同じ機能を持ちます。
6. 必要情報を入力し、Apply ボタンをクリックします。
7. その領域に新しい Feature が登録されます。

・PCRプライマーの設計

1. 選択された領域に関するPCRプライマーを設計できます。
2. 塩基配列上でマウスドラッグし、新規フィーチャーとして登録したい領域を選択します。
3. 選択された領域上でマウス右クリックします。
4. ポップアップメニューが表示されます。
5. PCR Primer Design をクリックします。

• 詳細はPCR Primer Design を参照してください。
• 選択された塩基配列をそのまま PCR Primer として登録する場合は、メインウィンドウの配列レーン上で行います。