機能
CDSが同定されているゲノム塩基配列に対して、オーソログデータベースであるCOGとの相同性検索を実行し、COGの機能分類コードを自動転記します。結果として、各CDSをフィーチャーマップ上にカラー分類表示することができます。
実装Version
- IMC 4.2.13以降
- IMC
準備するもの
- COGデータベース myva
- サンプルゲノム配列 Bsub50kb.gbk
- 任意のゲノム配列で実行可能ですが、COGデータベースは酵母以外の原核生物種を含まないため、真核生物ゲノム配列は適当ではありません。
- サンプル配列は、枯草菌の一部領域のとりだしたものですが、全ゲノムで実行すると処理時間がかかる場合があります。
操作
- COGデータベースをダウンロードします。
- COGデータベースを登録します。
- Menuの"File" -> "Create Blast DB"を選択します。あるいは、ツールボックスのCreate Blast DBをクリックします。
- "Create Blast DB" 機能の詳細情報
- サンプルゲノム配列を読み込みます。
- サンプルゲノム配列はIMCインストール時に"ユーザ/Documents/sample"フォルダーに生成されます。
- あるいは弊社ダウンロードサイトからダウンロードできます。
- ミノ酸翻訳を実行し、各CDSにアミノ酸配列を登録します。
- 各CDSにアミノ酸配列が登録されていないと検索は" No Hit"となります。
- 各CDSにすでにアミノ酸配列が登録されている場合は、この処理は不要です。
- CDSのアミノ酸翻訳機能の詳細情報
- バッチホモロジー検索を実行します。
- ゲノム上の全CDSを対象とする場合は、Menuの"Genome Analysis" -> "Batch Homology Search"を選択あるいは、ツールボックスのBat Homology Searchボタンをクリックします。
- ゲノム上のある指定領域にある全CDSを対象とする場合は、マウスでその領域をドラッグし、領域を指定します。その選択領域の上でマウス右クリックし、表示されるポップアップメニューから"Homology Search by Selected Feature"を選択します。
- 表示されるBatch Homology Searchダイアログで、COGデータベースを選択し、Setボタンをクリックすると、実行が開始されます。
- Batch Homology Search機能の詳細情報
- Classification Codeでカラー分類表示します。
- 実行が終了したら、MenuのView -> Show with Classification Colorを選択します。
- するとこのページトップのようなCOG分類カラーで各CDSが分類表示されます。
- フィーチャーマップ上の各フィーチャーをカラー表示する機能の詳細情報