Mac用Sentinel Hardware Key(ドングル)ドライバーがリリースされましたが、従来のpkg形式ではなく、dmg形式 でした。
この形式の場合、インストール方法は以下の通りです。
Frame Lane において、ストップコドン が現れない領域を選択し、マウス右クリック でその領域を 新規フィーチャー として登録する場合に、Forward Strand にあるにもかかわらず、Description Window でその領域が Complement とされてしまう。ただし、Forward Strand の 第3フレーム からの新規登録の場合に生じます。第1,2フレームからの登録は正常に動作します。
Description Windowで Complement のチェックを解除して登録します。
バグフィックス Version IMC Ver.7.46 がリリースされました(2020/12/09)。
2020年11月:MacOS用ドングルドライバーの新しいVersion 7.5.5がリリースされました。以下のトラブルが解消される可能性があります。
ドングルドライバーのダウンロードはこちらです。
MacOS 10.14 あるいは10.15において、ドングルのLEDが点灯しない場合は、以下の操作で解決できる可能性があります。
なお、この操作を行う場合は、ロックを解除する必要があります。
多数のGanBank形式ファイルから構成されているGBFFファイルを個々のGenBankファイルのTaxonomy記述に従い系統樹状のディレクトリ―に展開し、IMCで取り扱いしやすく配置します。
GenBankやRefSeqの塩基配列データは、リリース時期ごとに大きな圧縮ファイルにまとめられています。
また、個々のエントリーは、ヘッダーファイル(*.gbff)と配列部(*fna)から構成されおり、シングルGenBankファイルとするには、これらの2種類のファイルを結合する必要があります。
GenBank File Expanderは、GenBankやRefSeqのこれらのファイルを解凍し、合成し、任意の場所に系統樹状のディレクトリとして展開します。
この展開されたディレクトリをIMCのルートディレクトリに指定すると、IMCのディレクトリツリーに表示、ロードするとことができます。
メニューから「Tools -> Multiple GenBank File Expander」をクリックします。
設計した遺伝子クラスターを再構築するために、クラスターを最適に断片化します。
その後、個々の断片を化学合成した後に、各断片をOGAB法により再構成し、長鎖DNAクラスターを作成します。
この機能は、以下のエディションに実装されています。
IMCDS
比較したい近縁種ゲノム塩基配列(CDSがアノテーションされている必要があります)をカレントレファレンスディレクトリーにロードします。
カレントメインディレクトリーにそのうち1ゲノムをロードしておきます。
フィーチャーレーン の選択領域を増幅する PCRプライマー を設計します。
選択領域と設計される プライマー の位置については、2種類の設定が可能です。
1. 選択領域の外側に フォワード・リバースプライマー を設計し、できるだけ プロダクト塩基長 が短くなるようにします。
この場合は、選択範囲の外側に設計できる範囲(黄色で示された範囲)を設定し、それを超える位置には設計できません。
デフォールト値は1000bpで、このパラメータは変更することができます。
2.選択領域の内側に フォワード・リバースプライマー を設計し、できるだけ プロダクト塩基長 が長くなるようにします。
この場合は、最小プロダクト塩基長 を設定し、それ以下の短いプロダクトは設計できません。
IMC Version 7.18から最新Versionのチェック~自動インストールの手順が変更されました
自動インストールが廃止され、手動でインストールする方法に変わりました。