Copy Reverse complement
- SIshikawa
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Copy Reverse complement
05 Jul 2011 11:47
いろいろな機能のupdateしていただき、ありがとうございます。
質問とお願いです。
(1)
tilling arrayのデータを持つfileから、
選択した領域の
TillingArrayのfeature以外の配列をfeature付きでコピーしたいのですが、どのようにすれば良いのでしょうか?
tilling arrayの情報と一緒にコピーすると、情報量が多すぎてコピーに時間がかかり、特に長い領域だとコピーできない時もあります。
現在は、コピーした後TillingArrayのfeatureを消去して使用しています。
(2)
Copy Reverse complement sequenceという機能がありますが、
Copy Reverse complement sequence and feature(s)はないのでしょうか?
featureも反対にして挿入したいので、無ければ是非、追加してください。
(3)
CDSにアミノ酸配列が付いていない時にtranslationを選んで情報を追加するのですが、逆向きの遺伝子には正確にアミノ酸が翻訳されません。
trasl_tableのsettingが間違っているのでしょうか?
お教えください。
質問とお願いです。
(1)
tilling arrayのデータを持つfileから、
選択した領域の
TillingArrayのfeature以外の配列をfeature付きでコピーしたいのですが、どのようにすれば良いのでしょうか?
tilling arrayの情報と一緒にコピーすると、情報量が多すぎてコピーに時間がかかり、特に長い領域だとコピーできない時もあります。
現在は、コピーした後TillingArrayのfeatureを消去して使用しています。
(2)
Copy Reverse complement sequenceという機能がありますが、
Copy Reverse complement sequence and feature(s)はないのでしょうか?
featureも反対にして挿入したいので、無ければ是非、追加してください。
(3)
CDSにアミノ酸配列が付いていない時にtranslationを選んで情報を追加するのですが、逆向きの遺伝子には正確にアミノ酸が翻訳されません。
trasl_tableのsettingが間違っているのでしょうか?
お教えください。
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Re: (1)についてはFeature & Qualifierのフィルタリング機能を使います
06 Jul 2011 10:05
GenBankファイルの整形用に、Feature & Qualifierのフィルタリング機能があります。
この機能は、現在nGenBank/EMBLファイルから、指定したFeature KeyあるいはQualifierを除去したGenBank/EMBLファイルを生成するものです。
メニューから、Option Setting --> Screening でFeatureのTilingArrayにチェックを入れて、
Save as ...を行います。このとき、安全策として、Screen Feature(s)にチェックしないとフィルタリングされません。
この機能は、現在nGenBank/EMBLファイルから、指定したFeature KeyあるいはQualifierを除去したGenBank/EMBLファイルを生成するものです。
メニューから、Option Setting --> Screening でFeatureのTilingArrayにチェックを入れて、
Save as ...を行います。このとき、安全策として、Screen Feature(s)にチェックしないとフィルタリングされません。
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