GT では、NGSからのReadに関して、一次解析としてアセンブリやマッピング、二次解析として遺伝子発現解析などを実行できます。
これらの解析結果は原則として、現在設定されているルートディレクトリの下に格納されます。
ルート(root)ディレクトリーは、論理的なデータ格納場所を物理的な格納場所と結びつけるもので、現在使用しているカレントルートディレクトリ―は、かならず物理的なディスクスペースを指示しています。
ルートディレクトリ―は、別の物理的な位置を示すように変更することができます。
この操作を行うと、ルートディレクトリ―は別のディスクスペースを示します。
ルートディレクトリ―切替操作は何度でも繰り返すことができますが、解析実行中は切り替えることはできません。
ルートディレクトリ―以下には、複数のプロジェクトを登録できます。
1つのプロジェクトには、1つのゲノムを対応させます。
Assembly Project
あるゲノムの de novo アセンブリを実行する場合は、1つのプロジェクトを新規に登録し、そのプロジェクトの下に1つのAnalysisノードを登録し、そこでアセンブリを実行します。
1つのAnalysis ノードで1回のアセンブリを実行します。
パラメータを変えて、複数のアセンブリを実行する場合は、それぞれ1つずつAnalysis ノードを登録します。
異なるゲノムのアセンブリを実行する場合は、新規に別プロジェクトを登録するのがよいでしょう。
Mapping Project
あるゲノムに対して、複数のRNA-Seq結果をマッピングする場合は、1つのプロジェクトを新規に登録し、そのプロジェクトの下で、複数のマッピングを実行します。
マッピングに際しては、Readの貼付け先である、参照ゲノム配列を登録する必要があるため、プロジェクトの下のReference ノードに参照ゲノム配列をロードしておきます。
アノテーションが付いているGenBankやEMBL形式ゲノム配列も注釈付きでロードし、マッピング結果と注釈を並行に閲覧できます。
RNA-Seqなどのデータは、そのプロジェクトにまとめてロードしておき、マッピング時点で使用するデータを選択することができます。
1回のマッピング操作は1つのAnalysisノードを登録し、そのノード上で実行します。