Genome Analysis Software Info Site

参照ゲノムマップ に ゲノム塩基配列 をロードするだけで Blast検索用データベース が自動的に作成され、そのデータベースに対する 相同性（Blast)検索 を簡単に実行できます。

相同性検索 には クエリー配列 と 配列データベース および 検索プログラム の指定が必要です。

検索を実行するには以下の方法があります。

• クエリー配列 を直接入力する方法
  • メインメニュー -> Genome Analysis > Homology Search > Homology Search by Direct Input Sequence
• クエリー配列 をペーストする 方法
  • メインメニュー -> Genome Analysis > Homology Search > Homology Search by Direct Input Sequence
• ファイルとして保存されている クエリー配列ファイル を参照する方法
  • メインメニュー -> Genome Analysis > Homology Search > Homology Search by Direct Input Sequence
• メインフィーチャーレーン 上の１つの フィーチャー を 右クリック して、その フィーチャ― の配列を クエリー配列 とする方法
  • マウス右クリックメニュー -> Show Homology
    • Show Homology N.A. 検索対象は レファレンスフィーチャーマップ の カレントゲノム の塩基配列
    • Show Homology A.A. 検索対象は レファレンスフィーチャーマップ の カレントゲノム の各CDSのアミノ酸配列
    • Show Homology N.A. (Nucleotide Sequence DB) > XXXX 検索対象XXXXは登録されている 塩基配列データベース
    • Show Homology A.A. (Amino Acid DB) > XXXX 検索対象XXXXは登録されている アミノ酸配列データベース
    • Show Homology N.A. (NETBLAST) 検索対象はNCBIデータベース（インターネットに接続している必要があります）
    • Show Homology A.A. (NETBLAST) 検索対象はNCBIデータベース（インターネットに接続している必要があります）
    • Show Batch Homology Search Result 過去にこのフィーチャーに対してBatch Homology Search が実行されている場合に検索結果を表示できます。
• 参照フィーチャーマップ 上の１つの フィーチャー を 右クリック して、その フィーチャ― の配列を クエリー配列 とする方法
  • -> Show Homology N.A. 検索対象は メインフィーチャーマップ 及び レファレンスフィーチャーマップ の カレントゲノム の塩基配列
  • -> Show Homology A.A.検索対象は メインフィーチャーマップ 及び レファレンスフィーチャーマップ の カレントゲノム の各CDSのアミノ酸配列
• メインフィーチャーレーン の 選択領域（マウスドラッグ で選択できます）にあるすべての フィーチャー の配列を クエリー配列（複数クエリー）とする：GE以上に実装
  • -> Homology Search by Selected Feature
  • -> Autoannotation by Selected Area

検索用の データベース には以下があります。

• カレント参照フィーチャーマップ にロードされている ゲノム塩基配列（CDS上のアミノ酸配列を含む）
• 登録されている ゲノム塩基データベース あるいは アミノ酸配列データベース
• インターネット経由 で NCBI の 塩基配列データベース あるいは アミノ酸配列データベース

検索プログラムは以下から選択できます。

• BlastN
• BlastP
• BlastX
• tBlastN
• tBlastX