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ゲノムアノテーションとは、ゲノムに注釈を加えることですが、より具体的には、ゲノム配列上に同定された特徴（Feature）の属性（Qualifier）を記述することです。

Featureの種類はFeature Key として分類されます。Featureの位置はPositionとして記録されます。ゲノム塩基配列上のPositionによって、そのFeatureが占める塩基配列が判ります。また、アミノ酸に翻訳されるコーディング領域（CDS)は、翻訳されたアミノ酸配列情報をGenetic Code Tableを介して間接的に保有することになります。CDSのようなフィーチャーは二重らせんのどちら側に特定されるかも重要で、通常はComplementという位置演算子を使って表記されています。