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アノテーションを実行するには注釈が付加された塩基配列あるいはアミノ酸配列のデータベースを作成する必要があります。

IMCには、ゲノム配列をロードしただけで自動的にBlast検索用データベースを生成する機能があります。

この機能は、近縁種の未知ゲノムにアノテーションをするために使用することができます。

大規模なデータベースを生成する機能も実装されています。

CreateDB機能は、NCBIなどからダウンロードできるSuperKingdom別のファイルを使用して、ローカルBlast検索用データベースを生成します。

検索用データベースは、核酸配列とアミノ酸配列のいずれのデータベースも生成できます。

これらのファイルは非常にサイズが大きく、かつ多数あります。検索する場合は、多数の生成されたデータベースをジョインして一つのデータベース名として使用できます。

データベースを外部サーバ上に構築し、ネット経由で検索できるようにすることも可能です。