Genome Analysis Software Info Site

Abbreviation of Amino Acids

The output file format of Phrap assembler. This file can be generated or imported by the GenomeTraveler.

Affymetrix File Format

Affymetrix File Format

[D] Cell cycle control, cell division, chromosome partitioning

[Y] Nuclear structure

[V] Defense mechanisms

[T] Signal transduction mechanisms

[M] Cell wall/membrane/envelope biogenesis

[N] Cell motility

[Z] Cytoskeleton

[W] Extracellular structures

[U] Intracellular trafficking, secretion, and vesicular transport

[O] Posttranslational modification, protein turnover, chaperones

[J] Translation, ribosomal structure and biogenesis

[A] RNA processing and modification

[K] Transcription

[L] Replication, recombination and repair

[B] Chromatin structure and dynamics

[C] Energy production and conversion

[G] Carbohydrate transport and metabolism

[E] Amino acid transport and metabolism

[F] Nucleotide transport and metabolism

[H] Coenzyme transport and metabolism

[I] Lipid transport and metabolism

[P] Inorganic ion transport and metabolism

[Q] Secondary metabolites biosynthesis, transport and catabolism

[R] General function prediction only

[S] Function unknown

Abbreviation of Comma Separated Value.

= Current Folder.

現在フィーチャーマップ上に表示されている塩基配列が格納されているフォルダー。このフォルダーに含まれるすべての塩基配列がメモリー上にロードされている。

(=DNA Adenine Methylase/DNA Cytosine Methylase)

メチル化による影響で制限酵素消化が阻害されることを示す。IMCではこの影響を判定することができる。DAMはGATCのAdenineをメチル化する。DCMはCCWGGの第2Cytosineをメチル化する。

NGS用READフォーマット

Abbreviation of Feature Key

DNAシーケンサからの配列フラグメントの品質などを閲覧するビューアを言う。

genome sequence.

Feature type is classified as Feature Key. The position of Feature is recorded as Position. By the Position on the genome base sequence, the nucleotide sequence occupied by the Feature can be found. In addition, coding region (CDS) translated into amino acid indirectly holds translated amino acid sequence information via Genetic Code Table. It is also important that features such as CDS are identified on either side of the double helix, and it is usually written using the position operator Complement.

ゲノムリアレンジメントマップ。リンクマップとも呼ぶ。IMCGE, IMCAE, GenomeTravelerに実装されている。

登録商標。ソフトウェアの名称。ゲノムギャンブラー。海洋研究開発機構が著作権を有する。

インシリコバイオロジー社のソフトウェアの名称

GenBankの塩基配列のコーディング領域をアミノ酸翻訳し、注釈をつけたデータを言う。

広域ゲノムゲノム再配置地図。

GenomeTraveler

相同性、特に配列の

相同性検索、Blast, FastAなど。

in silico MolecularCloning：インシリコバイオロジー社が奈良先端科学技術大学院大学（小笠原教授、黒川助教授）からの協力の下に開発したバイオソフトウェア。

IMC Entry Edition, introductory product of IMC line ups.

(= インシリコ)～「シリコンの中で」というラテン語由来の言葉。in vivo（生体内）, in vitro（ガラスの中で、試験管の中で）から転じて、コンピュータの中でという意味。

インシリコバイオロジー社が九州大学久原教授の協力の下に開発したDNAフラグメントアセンブラー。

ドイツの論文誌。

(=インシリコバイオロジー株式会社）横浜、札幌に拠点を置く日本のバイオインフォマティクス企業。インシリコ生物学関連のソフトウェアを独自開発。インシリコモレキュラークローニングシリーズ、メタゲノムギャンブラーシリーズ、ゲノムトラベラーなどのバイオソフトウェアを開発、販売。奈良先端科学技術大学院大学発ベンチャー企業。

制限酵素によるインシリコ消化切断。IMCに実装されている。

インシリコ実験。コンピュータ内で行う実験。

インシリコゲル電気泳動。IMCに実装されている。

コンピュータ内で仮想的に行うライゲーション実験。IMCで実行できる。

インシリコPCR。IMCに実装されている

インサートチェック。IMCでは、インサートチェックに最適な制限酵素を探索することができる。

発現強度値

in silico biology, inc.の略。インシリコバイオロジー株式会社のこと。

インシリコバイオロジー社が開発した単一トレース波形ビューア・エディタ。多重トレース波形ビューアはChart Viewerを見よ。

Sun Microsystemsが開発したプログラミング言語。ISB社開発製品で主に使用されている。

javaが確保するメモリー

(= Javaメモリー使用状況表示領域) IMCやGTに実装されている。

CBRCで開発された相同性検索ソフトウェアの名称。

Mac OS X.5のこと。

MacOSX.6のこと

Local Genome Rearrangement Map

ライゲーション反応。IMCクローニング機能の１つ。

= Reference Genome Map = Multiple Genome Viewer (MGV)

IMCGE以上で作成できる(Global) Genome Rearrangement Mapのこと。

局所ゲノム再配置地図。IMCGE以上に実装された近縁種間比較ゲノム機能。

IMCソフトウェアの操作はほとんどこの画面を中心に行うことになります。IMC Main Feature Windowはメニューバーおよびツールバーを上辺にもち、左側に編集DNAプール、反応DNAプール、参照DNAプールがあり、中央から右側にかけて、塩基配列表示領域、数値表示領域、編集フィーチャーマップ描画領域、参照DNAフィーチャーマップ領域からなります。また、左下隅にはJAVAメモリー使用状況が表示されます。

融解温度。DNAの二重鎖が解離する温度。

エラーが発生した場合に表示されるメッセージ。

代謝物質。

植物や微生物の二次代謝物質のデータベース。奈良先端科学技術大学院大学から委託をうけ、ISB社から販売中。

Metabolite DB専用の検索用ソフトウェア。奈良先端科学技術大学院大学から委託をうけ、ISB社から販売中。

二次代謝物質

メタゲノム。同一環境に成育する複数の生物種のゲノムを言う。

東京大学で開発された原核生物ORF予測ソフトウェアの名称。IMCやMiGAPで使用されている。

登録商標。ソフトウェアの名称。メタゲノムギャンブラー。海洋研究開発機構が著作権を有する。

Perfect Matchに対応する用語。

配列の中央に対応するゲノム塩基配列と一致しない塩基を１つもつプローブを言う。バックグランドを示すと考えられる。

多重並置

ISB用語

IMCに実装されたレーンの一つ

Niblegenのファイル形式

Arrayメーカのひとつ。IMCAEでサポートしている。

Nimblegenのアレイデータの読み込み方法

Nimblegenのプローブマッピングの方法

オプション設定。ISBソフトウェアでの様々な設定を行う。

Nimblegenのアレイファイル形式

= MGV (Multiple Genome Viewer)